โรงเรียนอนุบาลนครศรีธรรมราช "ณ นครอุทิศ" ได้รับอนุญาตจากกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อ พ.ศ. 2486 โดยอาศัยบ้านหมอแมคดาเนียล เป็นสถานที่จัดการเรียนการสอน และได้ย้ายมาเรียนที่โรงเรียนกัลยาณีศรีธรรมราช เมื่อ พ.ศ. 2487

ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2488 ได้ย้ายกลับไปเรียนที่บ้านหมอแมคดาเนียลอีกครั้ง และได้ย้ายมาเรียนที่โรงเรียนกัลยาณีศรีธรรมราชอีกครั้ง เมื่อ พ.ศ. 2489

จนกระทั่งเมื่อ พ.ศ. 2493 กระทรวงศึกษาธิการ และเจ้าพระยาบดินทรเดชานุชิต (แย้ม ณ นคร) ได้ร่วมทำการก่อสร้างโรงเรียนในที่ดินของวัดประตูขาว เพื่ออุทิศเป็นอนุสรณ์แก่ท่านกลาง ณ นคร และได้ตั้งชื่อว่า โรงเรียนอนุบาลนครศรีธรรมราช “ณ นคร อุทิศ” โดยเปิดสอนเฉพาะชั้นอนุบาลปีที่ 1-2

ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2502 เปิดขยายชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 (ประถมศึกษาตอนต้น) และเปิดขยายชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 (ประถมศึกษาตอนปลาย) เมื่อ พ.ศ. 2521

ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2546 ได้เปิดสอนโครงการจัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการเป็นภาษาอังกฤษ (English Programme : EP) และเมื่อ พ.ศ. 2558 ได้เปิดสอนโครงการยกระดับผลสัมฤทธิ์ทางการเรียนภาษาอังกฤษ (English Enhamecment Programme : EEP) และเมื่อ พ.ศ. 2563 ได้เปิดสอนโครงการยกระดับผลสัมฤทธิ์ทางการเรียนวิทยาศาสตร์ และคณิตศาสตร์ (Science and Mathematics Programme : SMP)